Nuestro héroe, capturado y encarcelado en el Castillo Glaive, se ve obligado a luchar por su vida cada día contra temibles monstruos. Al ver a sus compañeros gladiadores caer sin piedad uno detrás de otro, espera al momento perfecto para escapar de la arena a través de la puerta de los monstruos. Tras huir, se dirige hacia un acantilado cercano en busca de una cascada próxima al castillo, donde escucha un encuentro clandestino entre Julius y el Caballero Oscuro. Tras revelar su presencia accidentalmente, lo arrojan al río embravecido y pierde la conciencia.
Tras despertar, nuestro héroe vaga por tierras desconocidas hasta encontrar a la heroína de la historia y rescatarla del ataque de un monstruo. Ella está buscando a un hombre llamado Bogard y nuestro héroe no tiene ningún objetivo, así que decide acompañarla en su viaje. ¡No sabe que sus acciones lo han arrastrado a las poderosas y crueles corrientes del destino!
Hace mucho tiempo...
gracias al poder de Mana, una civilización había crecido enormemente...
Con el tiempo, el Mana se usó para crear el arma definitiva: el Bastión de Mana...
Esto enfadó a los dioses, que enviaron a sus bestias a destruir el Bastión...
Una violenta guerra entre las bestias y el Bastión sumió al mundo en el caos, y el Mana pareció extinguirse...
Pero antes de que todo se perdiese, un héroe que blandía la Espada de Mana destruyó el Bastión...
Aunque la civilización había sido destruida, el mundo volvía a estar en paz.
Pero el tiempo fluye como un río... y la historia se repite...
En las eras en que el mundo aún estaba envuelto en la oscuridad, la Diosa de Mana tomó la Espada de Mana y derrotó a los ocho benevodones, avatares caídos del cataclismo, que habían llevado a todas las regiones al borde de la ruina. Entonces, selló a las bestias caídas dentro de las Piedras de Mana.
Con el tiempo, la oscuridad desapareció y el mundo resurgió.
La Diosa de Mana se transformó en un poderoso árbol y entró en un profundo letargo. Mucho tiempo ha pasado desde entonces...
Sin embargo, las llamas de la guerra han vuelto a prenderse, y algunos buscan liberar a los benevodones de sus prisiones de piedra para intentar obtener su poder. Con él, serían capaces de eclipsar a los mismos dioses y apoderarse del mundo. El telón baja sobre la frágil era de la paz.
El poder de Mana desaparece rápidamente de la tierra, y el Árbol de Mana empieza a marchitarse...