Capturé puis emprisonné dans le château de Glaive, notre Héros se retrouve obligé d'affronter jour après jour de terrifiants monstres. À la recherche d'une issue alors que tous ses confrères gladiateurs se font massacrer les uns après les autres, il finit par s'enfuir de l'arène en s'engouffrant dans la porte d'où sortent les monstres. Après s'être échappé, il surprend une discussion secrète entre Julius et le Dark Lord depuis une falaise surplombant la cascade du château. Trahissant sa présence, il est jeté dans les rapides en contrebas et perd connaissance.
Après avoir repris connaissance, le héros parcourt des terres inconnues avant de rencontrer l'héroïne de l'histoire, qu'il sauve des monstres qui l'attaquent. Apprenant qu'elle est à la recherche d'un homme nommé Bogard, il décide de l'accompagner, n'ayant lui-même pas de but précis. Mais il est loin de se douter que cette décision va le plonger dans une aventure brutale et impitoyable !
Il y a très longtemps...
Grâce à la puissance du Mana, la civilisation avait pu prospérer...
Le Mana fut utilisé pour créer l'arme ultime : la Forteresse de Mana...
Provoquant le courroux des dieux, ceux-ci envoyèrent leurs créatures détruire la Forteresse...
La guerre impitoyable entre les créatures et la Forteresse plongea le monde dans le chaos, faisant disparaître presque tout le Mana...
Avant que tout ne soit perdu, un héros armé de l'épée de Mana détruisit la Forteresse...
La civilisation avait été détruite, mais la paix était revenue.
Mais le temps s'écoule comme une rivière... et l'histoire se répète...
À l'époque où le monde était scellé par les ténèbres, la Déesse de Mana utilisa l'Épée de Mana pour vaincre les Huit Bénévodons, de terrifiants avatars du cataclysme qui avait semé le chaos sur la planète. Les monstres vaincus furent ensuite scellés dans les Pierres de Mana.
Avec le temps, les ténèbres se dissipèrent, et le monde put renaître de ses cendres.
La Déesse de Mana se transforma en un gigantesque arbre et s'endormit. De nombreuses années passèrent...
Hélas, les flammes de la guerre furent ravivées lorsque certains décidèrent de libérer les Bénévodons de leur prison de pierre, espérant ainsi obtenir un pouvoir capable d'éclipser celui des dieux afin de régner sur le monde. Cette fragile ère de paix touchait à sa fin.
Alors que le pouvoir du Mana disparaissait rapidement de la planète, l'Arbre de Mana commença à flétrir...