Catturato e imprigionato nel Glaive Castle, il nostro eroe deve combattere ogni giorno per la sua vita contro terribili mostri. Vedendo i suoi compagni uccisi uno dopo l'altro senza pietà, aspetta il momento opportuno per fuggire dall'arena attraverso l'ingresso dei mostri. Dopo la fuga, raggiunge un crinale poco distante in cerca di una cascata vicina al castello, ma assiste a un incontro clandestino tra Julius e il Dark Lord. Dopo essere stato scoperto, viene gettato nelle acque turbolente e perde i sensi...
Dopo essersi risvegliato, il nostro eroe vaga per territori sconosciuti fino a incontrare la protagonista femminile, che salva da un attacco di mostri. Dopo aver appreso che è in cerca di un uomo chiamato Bogard, e non avendo alcuno scopo, decide di accompagnarla. Non sa che le sue azioni l'hanno trascinato nelle possenti e inesorabili correnti del fato!
Tanto tempo fa... grazie al potere del Mana, la civiltà era prosperata.
Con il tempo, però, il Mana fu usato per creare l'arma definitiva: la Mana Fortress...
Ciò fece adirare gli dei, che a loro volta inviarono delle bestie feroci sulla terra...
La violenta guerra tra la fortezza e le bestie fece piombare il mondo nel caos. Il Mana sembrò svanire...
Quando tutto sembrava perduto, un valoroso eroe e la sua Mana Sword distrussero la fortezza, placando l'ira degli dei...
Anche se le civiltà era stata distrutta, il mondo tornò in pace.
Il tempo, però, scorre come una corrente... e la storia adesso si ripete.
Nell'era in cui il mondo era avvolto dalle tenebre, la Goddess of Mana estrasse la Sword of Mana per sterminare gli otto Benevodon, incarnazioni del cataclisma che aveva portato il mondo sull'orlo della rovina. Poi, intrappolò questi orrori dentro alle otto Mana Stone.
Con il tempo, le tenebre si dileguarono e nacque il mondo.
La Goddess of Mana si trasformò in un possente albero e cadde in un sonno profondo per molti anni.
Tuttavia, presto le forze del male cercarono di liberare i Benevodon per prendere il controllo del mondo. Iniziarono una terribile guerra per portare avanti il loro piano e destabilizzare i regni. La pace ormai non era altro che un ricordo lontano...
Il Mana stesso iniziò a sparire dal mondo e il Mana Tree iniziò ad appassire...